中共十六大提出：建立适应新形势要求的卫生服务体系和医疗保健体系，着力改善农村医疗卫生状况，提高城乡居民的医疗保健水平。作为肩负着农村人口医疗保健任务的乡镇卫生院，是农村三级医疗卫生保健网的重要枢纽。乡镇卫生院的发展状况，在很大程度上关系到广大农民的身体健康和生活质量，关系到农村全面小康的实现进程。
近年来，随着卫生体制改革的深入，我市的农村医疗网点普及率高、覆盖面广，达到每个乡镇1所卫生院，在一定程度上方便了农民就医，缓解了农村医疗发展滞后于需求的矛盾。然而，相对于农村小康应达到的初级卫生标准，个体医疗卫生机构的作用还是有限的，乡镇卫生院依靠其固有的优势，才是推进农村小康达标的主力军。但是，以目前我市乡镇卫生院的发展状况，实属心有余而力不足。
1、基础设施差。近年来，由于乡镇卫生院经营效益下滑，加上外部投入少，部分乡镇卫生院的经营场所房屋破旧，年久失修。
2、医疗设备短缺，医疗器械陈旧落后。目前的乡镇卫生院中，多数医疗设施简陋，设备陈旧，全市乡镇卫生院配备的医疗设备，落后于农民对医疗卫生的需求。大部分乡镇卫生院只拥有的设备功能低，只能用于简单的检查，象心电图、肝功能等项目因为没有配套设备而无法开展。
3、专业技术骨干缺乏，人员素质偏低。主要原因：一是新毕业的大专、本科生不愿到条件艰苦的乡镇卫生院工作；
二是稳定农村卫技队伍的政策不配套，致使现有的专业技术人员流失严重；
三是有些卫生院缺乏长远打算，短期行为意识严重，忽视现有在职人员的技术提高。由此造成乡镇卫生院技术上、设备上不如市医院，住院条件跟个体医生差不多，医疗业务严重受损。人少时一人多岗，如果碰到突发事件则人员空虚，措手不及；
人多时，工作人员的福利工资无法落实，导致两难境界，谈不上任何优势留住人才，形成恶性循环。
4、财政投入严重不足。农村税费改革后，财政拨款犹如杯水车薪，在职人员负轭上山、举步维艰，更谈不上基础设施、设备的投入。
5、农村医疗市场的主导地位受到严重冲击。个体药店、个体行医的政策放宽后，新增加不少诊所，致使乡村行医诊所星罗棋布，卫生院处于这些个体药店、诊所的包围之中，使卫生院处于十分激烈的竞争之中。作为乡镇卫生院，下有个体医生，伤风感冒、小病小恙农民一般不会舍近求远。而疑难杂症、大手术病人又会跑市以上医院。乡镇医院在距离上不远不近，设备赶不上市级医院，技术力量更不敢奢攀，处于这样的环境，乡镇卫生院的农村医疗市场主导地位正在逐步消失。
6、医疗收费达不到标准。据历年医院财务报表显示，药品价格的降低，减轻了农民负担，同时也削减了乡镇卫生院的大部分收入。因此，靠药养医的日子好景不长，要想维持生存，以图发展，只有适当提高医疗收费，而在当前的农村，一时要提高医疗收费是难以进行。
尽管乡镇卫生院目前的状态处于低谷，但是，从巩固和发展农村初级卫生保健的需要，从提高农村人口生活质量的要求出发，稳定乡镇卫生院在农村医疗卫生事业的中流砥柱地位，加快发展乡镇卫生院全面职能，仍是全社会不容推卸的责任。
1、强化各级政府的卫生工作责任意识。各级党政领导要用办教育和抓计划生育工作的责任感来抓农村卫生工作，要建立行之有效的年度考核评审制度。通过督促检查，对发展乡镇卫生院成效显著的地方，要大力表彰和奖励；
对玩忽职守，政策措施不落实，上级政府要加强督促，限期到位，真正形成各级政府一齐抓，各有关部门齐抓共管的新格局。
2、业务主管部门要合理配备乡镇卫生院的专业技术人才和医疗设施，实行扶贫帮困政策，对乡镇卫生院实行资金扶贫、器械设备扶贫、人才技术及业务扶贫，使基层在专业技术、财力、物力得到充实，让其突出重围，跳出峡谷。
3、充分调动基层工作人员的积极性，对在基层工作时间长的要给予一定的奖励。加强市直单位与乡镇单位医护人员的交流，不能终身制；
对大专、本科生要鼓励其下到基层锻炼，充实基层卫技力量，增强乡镇卫生院的生机和活力。
4、对乡镇卫生院给予政策优惠，加大资金投入力度。一是保证卫生支出随着财政收入的增长而相应增长；
二是确保人均卫生事业费逐年增加；
三是按国家要求列入各级财政预算的农村卫生事业发展、预防保健及医学科研三项资金要确保到位；
四是减少对卫生院的各种摊派和税费缴纳等。
5、加强内部管理，提高自身素质，制订远景规划，不要搞短期行为，大力培养专业技术人才，做到后继有人，确保乡镇卫生院的发展后劲。
6、卫生执法部门要加大执法力度，对无证行医人员一律予以取缔。同时，要合理布局医疗网点，实现优胜劣汰，优化医疗卫生经营环境，促进乡镇卫生院健康发展。