当前，全国上下正在着力营造稳定和谐的社会环境，加快社会主义新农村建设，但随着改革的深化，体制的转换和利益格局的调整，人们价值观念、道德素质、思维方式等发生了许多新的变化，一些矛盾和问题也接踵而至，特别是在基层农村还有很多亟待解决的问题：
一是把新农村建设片面地解读为“新村建设”。现在一些地方把社会主义新农村建设片面简单地理解为“新村建设”。大拆大建，大兴土木，大搞形象工程，甚至于不惜举债搞建设。党中央国务院提出的新农村建设总体目标是用15到20年时间，让农村的面貌大为改观，使农民收入有大的提高，城乡收入差距明显缩小。要改变农村的落后面貌，进行一定的基础设施建设是必需的，但是农民住房、道路、水利、沼气等硬件建设只是新农村建设的一个方面。更为重要的是农村的社会保障制度、教育、卫生、文化等软件建设。而作为新农村建设基础的是生产力的发展，现代农业建设，加快农业劳动力的转移，增加农民收入，这才是最艰巨的任务。
新农村建设是一项综合工程，各级政府都要加强组织引导，制定新农村建设的总体规划，做到“规划先行、科学指导”，坚持用规划统领新农村建设突出重点镇和中心村的建设，不要遍地开花，不能片面追求建了多少房，修了多少路。今后要撤并的边远村庄和人口稀少的居民点，现在更不必要花很大代价搞基础设施建设，我国上世纪九十年代实行农村教育达标，村村都修建了小学校舍。进入新世纪后，由于适龄儿童数量下降，实行村校合并，大量校舍闲置，这些教训应该汲取。
二是农资市场混乱、价格涨幅过高。近两年来，农业生产资料价格成持续上涨趋势，令人惊讶。大部分商品均以两位数上涨，化肥等农资价格平均比2004年上涨了20%。如化肥中的龙头品种尿素每吨价格一直在2000元左右，多年滞销的碳铵每吨价格也在500-600元，三元素复合肥每吨也上涨到了1800元,涨幅均在20%以上，种子、农药、农用薄膜也有不同程度的上涨。如此高的涨幅，已超出了农民的承受能力，抑制了农民对农业生产资料的投入。据农业部网站的消息,由于种子、农药、化肥等农资价格上涨，农民种粮每亩比上年多支出了20多元。
要想从根本上解决问题，还是要寄希望于政府采取扎实措施，清理农资经营渠道，规范经营行为，控制农资价格，引导农资市场形成合理的竞争机制，促使生产商、经销商从规模化经营、成本管理和资源优势方面提高效益，彻底解决农资市场混乱和结构失衡等问题。政府调控市场，还要从源头开始调控，原材料、生产厂家、流通等各个层面、环节都要进行全方位的适度调控。政府还要在遵循市场经济规律的前提下，发挥工商、税务和物价部门的联手作用，严厉打击制售假冒伪劣化肥、农药、种子等农资行为，严厉打击不良企业“搭便车”涨价的行为，只有这样，农资市场价格才能稳定住，农民也才能获得实惠。
三是农业基础脆弱，缺乏农业支持保护体系。当前，农村发展滞后、农民收入偏低、农业基础脆弱等问题不容忽视。农业是弱质产业，农业承担两个风险，既有市场风险，又有自然风险。但是，农业的基础地位却不能动摇，要加强农业的基础地位，就必须建立农业的支持保护体系，大力发展农业产业化，完善农业社会化服务体系，引导农产品牵手龙头企业。
农业支持保护体系有多方面的作用、多方面的内容。发展农业产业化就是一项重要的内容。江泽民同志曾经指出，“扶持产业化就是扶持农业，扶持龙头企业就是扶持农民”。这句话把道理讲得很透彻。扶持产业化就是扶持农业。这是在扶持农业方面的一个事半功倍的思路，需要在财政政策方面，税收政策方面给以扶持。“扶持龙头企业就是扶持农民”，这就要求龙头企业要带动农民。这是产业化龙头企业与一般的农产品加工企业不同的地方。最好的形式就是“公司＋农户”。除了收购、加工、拉长产业链、农产品增值外，一个重要的方面就是帮助农民、带动农民搞好种养业。如果龙头企业不带动农民，或者是与农民争利，这就背离了发展农业产业化的初衷，更违背了“扶持龙头企业就是扶持农民”这句话所揭示的深刻含义。
四是农村历史债务制约着新农村建设。在农村主要表现在村组欠农户的钱无法偿还。因种种原因，农村一级目前债务相当沉重。xx镇税费改革前清理锁定村级债权债务，总债务1291.36万元，总债权1019万元，其中债务过百万的村有五个村。在总债务中，各村以村委会名义向农户借款上交税费而形成的债务高达670万元，占总债务的52%，涉及全镇1850个农户，占全镇3780户的49%，目前，村一级清偿债权无政策，偿还债务无能力，要帐的农户成天跟着村干部转，有的要搬到村支书家里住，有的扬名要占据村会议室，还有的以种种手段威胁报复村干部。现在，村组公路和水利设施等公益性事业的建设资金筹措十分困难，在不少地方，村委会为了防止产生新的债务，不敢维修村组公路及生产道路，不敢整修水渠、水库等农田基本设施，导致农村公益事业无人管，农田水利等基本设施老化失修，群众怨声载道。
坚持科学发展观，积极化解镇村两级债务。首先，要搞清债务形成的原因，当前主要是由完成税费、集资任务形成的债务和教育达标形成的债务两部分组成。其次，要完善财政管理体制，规范财政转移支付，化解镇村债务风险，加大增收节支力度，加快财源建设，繁荣村级经济，本着“减少新债，区别对待，消化旧欠”的原则，着力化解财政债务，谨防不良借贷发生。这样既减轻了村委会和村干部的压力，也让没有欠钱的农户心理平衡，从而调动村干部的积极性，将更多的精力投入到新农村建设之中。
五是转制事业单位债权债务难处理。乡镇事业单位存在的历史长、情况复杂，其中一个突出的问题就是长期以来形成的债务包袱十分沉重，这些债务的主要构成有：经营不善形成的经营性债务、兴建办公场所或其他设施形成的建筑类债务、政府投入不够形成的欠资、欠发职工工资和欠银行贷款等等。我镇2005年乡镇事业单位转制时，登记评估资产总额101.6万元，债务128.7万元，除财政所外9个单位资不抵债，4个单位根本就没有资产。
这些债务的存在，必将成为了乡镇深化改革的一个拦路虎。如何化解这些债务，必须纳入各级政府的议事日程，要统一债权债务的处理政策，特别是对于非经营性的债务和个人债务（如欠发工资、个人垫资等），要采取适当和合理的方式，进行妥善解决，以确保改革成果，维护社会稳定。
六是换届临近引发干部思想波动。随着换届的临近，乡镇干部对乡镇改革的动向、班子职数的设置以及选人用人的导向等内容较为关注，存在一些复杂心态。如部分人不安心工作，到处打听干部调整的信息，把心思精力放在个人去向的活动上；
部分人感觉提拨无望，积极性受到挫伤，工作不愿深入、不愿吃苦，得过且过；
部分领导干部认为所在单位工作环境相对较差、工作压力较大、经济包袱重、个人待遇低想借换届之机，希望能够得到组织的照顾，进城安排工作。
为确保全年各项工作的按时完成和乡镇换届的顺利推进，要采取多种措施加强干部思想政治教育，引导树立全心全意为人民服务的宗旨观念，把党和人民的利益放在首位，而不应该追求个人得失；
要认真贯彻执行《党政领导选拔任用工作条例》，营造良好的选人用人环境，对那些不事张扬、埋头苦干、做实事的干部，要坚决给予重用，对那些不思进取、无所作为、投机钻营者要果断调整；
要掌握乡镇干部实情，特别是对长期在边远乡镇工作的干部，要尽可能在工作上、生活上予以关心和照顾。